Ходуткинское озеро расположилось с северо-западной стороны у подножия Ходуткинского вулканического массива. Размеры озера в длины составляет 150 метров, а в ширину в некоторых местах доходит до 200-т метров. Озеро составляет общую площадь равную 0,03 км².
Озеро имеет тектоническое происхождение, со временем воронка кратера заполнилась термальными водами, и образовался водоем. Ходуткинское пополняется за счет снега, проливных дождей, а также рек, которые в него впадают. Также из горячего источника вливается около 60-ти литров кипятка в секунду. Озеро является пресноводным.
Из самого озера вытекают горячие воды (река Горячая) ее длина 1,5 км и ширина от 20 до 30 метров, и небольшая глубина от 1,2 до 1,7 метров. По берегам озера Ходуткинского и реки Правая Ходутка располагаются горячие источники.