Исток реки Кроноцкой – озеро Кроноцкое. При впадении в море река образует Кроноцкий залив. Бассейн реки Кроноцкой является Кроноцким государственным природным биосферным заповедником. Возникновение названия реки имеет несколько гипотез. Однако наиболее правдоподобной считается гипотеза, согласно которой река получила название от ительменских слов Кра'нак", "кра'нван" (высокий, горный) и "уачь" (камень) – "кра'накуачь", "кра'накочь", "кра'накоць". С ительменского это переводится как «Высокая каменная гора».
Исток реки – озеро Кроноцкое, относится к подпрудному водоему. Озеро образовалось в результате того, что древнее русло реки Палеокроноцкой было перекрыто мощными лавовыми и пирокластическими отложениями от извержений двух вулканов: Кроноцкого и Крашенинникова. Ориентировочно датой образования озера можно считать поздний плейстоцен. Современное Кроноцкое озеро находится у подножия одноименного вулкана на высоте почти 400 метров над уровнем моря.
Согласно заметкам путешественников, район Кроноцкого залива был густо заселен ительменами, которое в настоящее время здесь не проживает. В период с 1940 года по 1952 годы в Кроноцком заливе находился поселок Кроноки. Его уничтожил один из цунами.
Исследования, проведенные в торфяниках прибрежных районах реки Кроноцкой, выявили 43 горизонта отложений палеоцунами, которые обрушивались на эти территории за период около 7000 лет. Причем цунами с высотой волны около 5 метров происходили в среднем 12 раз в 1000 лет. Волны таких цунами проникали вглубь побережья на расстоянии около километра. 30-метровые цунами происходили раз в 1000 лет. Волны таких цунами проникали на глубину до 10 километров вверх по течению реки и вглубь речной долины.
Ученые выяснили, что в начале нашей эры цунами происходили с частотой 1 раз в 50 лет. В последующие 1000-1500 лет частота цунами снизилась с 55 лет до 70 – в период, который относится к 1000-400 лет назад. Примерно с середины XVIII века цунами с высотой волны более 5 метров в Кроноцкий залив приходят 1 раз в 40-50 лет.
Река Кроноцкая имеет быстрое течение и не судоходна, образует множество стариц и островов. Протяженность основного русла – 39 километров.
Кроноцкая река практически безрыбная. Массовый ход лососёвых рыб наполняет реку фауной. На нерестилища реки Кроноцкой заходят горбуша, кета, нерка, кижуч, кунджа, мальма. Это красивейшее зрение, когда река буквально кишит от рыбы.